2007년에 발족한 연구개발추진기구는, 고쿠가쿠인대학의 건학의 정신에 뿌리를 둔 신도·일본문화의 특성의 학제적인 공동 연구를 진척시킴과 동시에, 그 연구 성과를 널리 일본과 세계에 발신하고, 거기에서 새로운 협조·공생의 본연의 자세를 찾아내는 것 등을 목적으로 하고 있습니다. 이하의 연구소 및 센터로 구성됩니다.
일본 문화연구소
1955년, 일본 문화와 세계의 제문화를 비교하고, 그 본질과 다양한 상황을 명백하게 하기 위하여 설립되었습니다. 고도의 공동 연구 기능과, 일본뿐만 아니라 해외의 일본연구기관 등과의 학술 네트워크 형성은, 내외로부터 높은 평가를 얻고 있습니다.
학술자료관
고고학자료관:1928년의 개설이래, 고쿠가쿠인대학의 고고학연구의 발전과 함께 걸어 왔습니다. 그 수장품은 약 9만점에 이르며, 고고학연구를 하는 대학의 자료관으로서는 국내 최대급의 규모와 질을 자랑합니다.
신도자료관: 1963년, 대학의 창립 80주년 기념 사업의 하나로서 개설. 신상, 두루마리 그림, 제례, 병풍 등 2000점을 넘는 신도자료를 전시하고 있습니다.
교사·학술자산연구센터
2007년, 고쿠가쿠인대학의 역사 및 대학이 갖고 있는 학술자산의 연구를 실시하고, 그 성과를 널리 사회에 환원하는 것을 목적으로 설립되었습니다.
연구개발추진센터
본교의 건학의 이념인 「신도정신」에 뿌리를 둔 연구를 진척시키기 위하여 2006년에 설립되었습니다. 연구뿐만 아니라 연구개발기구에 있어서의 연구교육 계획의 책정이나 연구 매니지먼트도 실시합니다.