在日本和外国的关系处于一个新的时代时，日本明治时代（1868 - 1912）的历史拉开了帷幕。从法制体系的结构到生活方式和生活标准的改善，在此期间的日本整体社会的变化都是日本受到外国影响的结果。
明治维新使得德川幕府长期施行的闭关锁国状态得以结束，日本开始向外开放并接受西方文化，众多国民也随波逐流。但是，无条件接受西方文化的风潮，也同时使得日本长年培植的固有文化受到了极大的轻视。 这引起了众多有识之士的关心并引发了危机感，如果不改变这种风潮，则日本文化和日本的精神将会永远失去。国学院大学正是在这样一种紧急情况下，基于这样一种精神而成立的。
国学院大学的建校精神，在第一任校长－有栖川宫帜仁亲王训示的《告谕》中得到了充分的体现。原校长芳贺矢一在后来由自己作词的国学院大学校歌中具体表达了此崇高的建校精神。
在一望无际、清澈的
涩谷山冈上，矗立着一所大学。
人们在此谈古论今，
探索学问的真谛。
追求着立国之根基，
世界上哪里有民族文化的精髓，
我们就取之以弥补我们民族文化之不足，
不能忘记先辈的教诲。
筑就我们内心的根蒂，
所有的学习研究中，
高举起国学院的大旗，
沿着祖辈开创的康庄之路，
后代在这里继续学习研究。
以一句话来说，国学院大学是一所从事学问和教育的学术机构，她肩负着两大使命而成立。即，在汲取并积极学习其他国家文化的同时，发展并传承作为基础的日本的传统文化和日本的精神。
