在日本和外國的關係處於一個新的時代時，日本明治時代（1868 - 1912）的歷史拉開了帷幕。從法制體系的結構到生活方式和生活標準的改善，在此期間的日本整體社會的變化都是日本受到外國影響的結果。
明治維新使得德川幕府長期施行的閉關鎖國狀態得以結束，日本開始向外開放並接受西方文化，眾多國民也隨波逐流。但是，無條件接受西方文化的風潮，也同時使得日本長年培植的固有文化受到了極大的輕視。 這引起了眾多有識之士的關心並引發了危機感，如果不改變這種風潮，則日本文化和日本的精神將會永遠失去。國學院大學正是在這樣一種緊急情況下，基於這樣一種精神而成立的。
國學院大學的建校精神，在第一任校長－有棲川宮幟仁親王訓示的《告諭》中得到了充分的展現。原校長芳賀矢一在後來由自己作詞的國學院大學校歌中具體表達了此崇高的建校精神。
在一望無際、清澈的
澀谷山岡上，矗立著一所大學。
人們在此談古論今，
探索學問的真諦。
追求著立國之根基，
世界上哪裡有民族文化的精髓，
我們就取之以彌補我們民族文化之不足，
不能忘記前輩的教誨。
築就我們內心的根蒂，
所有的學習研究中，
高舉起國學院的大旗，
沿著祖輩開創的康莊之路，
後代在這裡繼續學習研究。
以一句話來說，國學院大學是一所從事學問和教育的學術機構，她肩負著兩大使命而成立。即，在汲取並積極學習其他國家文化的同時，發展並傳承作為基礎的日本的傳統文化和日本的精神。
