神道學‧宗教學
神道學是基於建校精神的本校的核心學問,其專業性極高的神道研究值得稱傲,其他大學難以望其項背。宗教學、宗教社會學的教育和研究也很充實,同時進行現代宗教的相關調查和分析。
文學
日本文學是國學院大學的核心學科之一。長期以來,國學院大學的日本文學主修側重於︰以嚴密的文獻學和民族學方法論為基礎的綜合性研究,取得了大量重要的研究成果。2008年,為應對目前全球化引發的問題,國學院大學在日本古典文學主修中開設了新課程,為日本最古老的文學作品提供多層面的研究方法。同時,還開設了國際流行的跨學科方法新課程,以及旨在培養學生項目規劃與調查方法能力的實踐型研究課程。
史學
本主修開設有三大研究課程︰日本史、考古學和世界史,以及歷史地理學、文化遺產保護學和博物館學等課程。為了充實教學內容,還規劃了哲學課程,例如︰思想史和藝術史。近年來,本主修將一流的史學研究課程編入教學計劃中,例如︰史前學和亞洲邊緣地區遠古文化交流課程,為國學院大學開發獨創性的跨學科研究方法奠定基礎。